Generate Poses

Generate poses from geometrical annotations

napari-tomoslice generate-poses [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

Poses can be sampled in a number of ways from each annotation type:

• Points
• Spheres
• Path: Backbone, Helix, Rings
• Dipoles: Direct, Disk

Points

 Usage: napari-tomoslice generate-poses points [OPTIONS]                                                                                                                                                                                         

 generate particle poses from point annotations                                                                                                                                                                                                  

╭─ Options ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ *  --annotation-directory  -a      PATH  directory containing annotations [default: None] [required]                                                                                                                                          │
│ *  --output-star-file      -o      PATH  output star file name [default: None] [required]                                                                                                                                                     │
│    --help                                Show this message and exit.                                                                                                                                                                          │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯

Spheres

 Usage: napari-tomoslice generate-poses spheres [OPTIONS]                                                                                                                                                                                        

 generate particle poses from sphere annotations                                                                                                                                                                                                 

╭─ Options ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ *  --annotation-directory        -a      PATH   directory containing annotations [default: None] [required]                                                                                                                                   │
│ *  --output-star-file            -o      PATH   output star file name [default: None] [required]                                                                                                                                              │
│ *  --distance_between_particles  -d      FLOAT  distance between particles on the sphere [default: None] [required]                                                                                                                           │
│    --help                                       Show this message and exit.                                                                                                                                                                      │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯

Paths

napari-tomoslice generate-poses paths [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

Backbone

 Usage: napari-tomoslice generate-poses paths backbone [OPTIONS]                                                                                                                                                                                 

 evenly spaced particle poses along the annotated path                                                                                                                                                                                           

╭─ Options ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ *  --annotation-directory        -a      PATH   directory containing annotations [default: None] [required]                                                                                                                                   │
│ *  --output-star-file            -o      PATH   output star file name [default: None] [required]                                                                                                                                              │
│ *  --distance_between_particles  -d      FLOAT  distance between particles along the backbone [default: None] [required]                                                                                                                      │
│    --help                                       Show this message and exit.                                                                                                                                                                     │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯

Helix

 Usage: napari-tomoslice generate-poses paths helix [OPTIONS]                                                                                                                                                                                    

 evenly spaced particle poses along the annotated helical path                                                                                                                                                                                   

╭─ Options ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ *  --annotation-directory        -a      PATH   directory containing annotations [default: None] [required]                                                                                                                                   │
│ *  --output-star-file            -o      PATH   output star file name [default: None] [required]                                                                                                                                              │
│ *  --distance_between_particles  -d      FLOAT  distance between particles along the backbone [default: None] [required]                                                                                                                      │
│ *  --twist                       -t      FLOAT  helical twist [default: None] [required]                                                                                                                                                      │
│    --help                                       Show this message and exit.                                                                                                                                                                   │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯

Rings

 Usage: napari-tomoslice generate-poses paths rings [OPTIONS]                                                                                                                                                                                    

 particle poses on evenly spaced rings along the annotated path                                                                                                                                                                                  

╭─ Options ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ *  --annotation-directory        -a      PATH     directory containing annotations [default: None] [required]                                                                                                                                 │
│ *  --output-star-file            -o      PATH     output star file name [default: None] [required]                                                                                                                                            │
│ *  --distance_between_particles  -d      FLOAT    distance between rings along the backbone [default: None] [required]                                                                                                                        │
│ *  --number_of_points_per_ring   -n      INTEGER  number of particles to be placed on each ring [default: None] [required]                                                                                                                    │
│ *  --ring_radius                 -r      FLOAT    radius of the ring [default: None] [required]                                                                                                                                               │
│    --help                                         Show this message and exit.                                                                                                                                                                  │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯

Dipoles

napari-tomoslice generate-poses dipoles [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

Direct

 Usage: napari-tomoslice generate-poses dipoles direct [OPTIONS]                                                                                                                                                                                 

 particle poses directly from the annotated dipoles                                                                                                                                                                                              

╭─ Options ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ *  --annotation-directory  -a      PATH  directory containing annotations [default: None] [required]                                                                                                                                          │
│ *  --output-star-file      -o      PATH  output star file name [default: None] [required]                                                                                                                                                     │
│    --help                                Show this message and exit.                                                                                                                                                                              │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯

Disk

 Usage: napari-tomoslice generate-poses dipoles disk [OPTIONS]                                                                                                                                                                                   

 particle poses on a disk around the annotated dipoles                                                                                                                                                                                           

╭─ Options ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│ *  --annotation-directory        -a      PATH   directory containing annotations [default: None] [required]                                                                                                                                   │
│ *  --output-star-file            -o      PATH   output star file name [default: None] [required]                                                                                                                                              │
│ *  --distance_between_particles  -d      FLOAT  distance between particles on the disk [default: None] [required]                                                                                                                             │
│ *  --disk_radius                 -r      FLOAT  radius of the disk [default: None] [required]                                                                                                                                                 │
│    --help                                       Show this message and exit.                                                                                                                                                                        │
╰───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯